Минирующая моль наносит растениям как прямой, так и косвенный ущерб. Наиболее прямой ущерб вызван личинками, которые проделывают ходы в тканях листьев, что приводит к высыханию, преждевременному опадению листьев и косметическим повреждениям. В тропических и субтропических регионах это может привести к ожогам плодов, таких как томат и дыня. Потеря листьев также снижает урожайность. Тем не менее, на взрослых растениях плодовых и овощных культур может быть повреждено значительное количество листьев, прежде чем пострадает урожай. Размер ходов в листьях зависит от стадии развития листа, вида растения-хозяина и вида минирующей моли. Более взрослые личинки проделывают более широкие ходы. Участки кормления, которые оставляют взрослые самки, также могут снизить урожайность, хотя это не так важно для декоративных культур. Саженцы и молодые растения могут быть полностью уничтожены в результате прямого ущерба, причиненного минирующей молью. Косвенный ущерб возникает, когда в растительную ткань через участки кормления проникают болезнетворные грибки или бактерии. Ходы, оставленные минером южноамериканским листовым (Liriomyza huidobrensis), часто проходят вдоль средних и боковых жилок, но могут также проходить через лист беспорядочно. Когда в листе появляется много ходов, они могут сливаться. Они, в основном, располагаются у основания листа.